Ninja spune povestea unui barbat din vest care a venit in Japonia sa studieze Ninjutsu. Dupa ani de antrenament si aprofundare a celor invatate in aceasta arta, senseiul sau il roaga pe acesta sa se intoarca inapoi la New York unde il insarcineaza cu una dintre cele mai importante misiuni. Lui Casey ii revine sarcina de a proteja legendarul artifact Yoroi Bitsu. Acest artifact este de fapt o armura foarte pretioasa care contine armele ultimului Koga Ninja. Iar Casey trebuie sa faca tot ce ii sta in putere pentru a se asigura ca acest artifact sa nu cada in mainile mafiotilor.